1st Romanian Bioinformatics Seminar

Cluj-Napoca
24 November, 2017

Cum a fost?

Workshopul de bioinformatică de la Facultatea de biologie și geologie din Cluj-Napoca din 24 noiembrie 2017 a reunit mai mult de 40 de cercetători din România și din străinătate, înteresați de constituirea unei comunități naționale de bioinformatică.
Lista organizatorilor poate fi consultata aici.

În prima parte a evenimentului au avut loc 12 prezentări din diferite arii științifice, care au în comun atât dezvoltarea, cât și folosirea uneltelor bioinformatice. Programul seminarului poate fi consultat aici.

În a doua parte a evenimentului, cei prezenți au discutat și întocmit două rapoarte, care privesc urmatoarele subiecte:
1. Dezvoltarea colaborării în domeniul bioinformaticii la nivel național.
2. Dezvoltarea unor programe noi de pregătire bioinformatică.

Mai jos, rezumăm câteva dintre discuțiile care au avut loc.
Care e profilul unui bioinformatician?
„Profilul” unui bioinformatician depinde de rolul pe care îl are şi problemele pe care trebuie să le rezolve. Există două tipuri „extreme”:
* Utilizatori de instrumente informatice pentru analiza datelor biologice; în această categorie ar intra biologi care: ştiu să acceseze bazele de date biologice, sunt familiarizaţi cu pachete software specifice, ştiu să interpreteze rezultatele furnizate de instrumentele software.
* Dezvoltatori de instrumente informatice pentru analiza datelor biologice; în această categorie ar intra informaticieni care: sunt familiarizaţi cu noţiuni/concepte din biologie și cunosc şi pot implementa algoritmi specifici bioinformaticii.

Între cele două „extreme” există o serie de profile intermediare care includ biologi care ştiu să implementeze pipeline-uri de prelucrări, script-uri sau secvenţe de cod într-un limbaj de programare, să parametrizeze/eficientizeze modele computaţionale, dar și informaticieni care pot propune şi implementa noi modele ce presupun înţelegerea unor procese și mecanisme specifice biologiei.

Cum pot fi formaţi bioinformaticienii?

Varianta 1: Cei din cele două categorii extreme ar putea fi formate prin:
* Familiarizare cu domeniul bioinformaticii în timpul studiilor de licenţă/master prin cursuri de Bioinformatică incluse în programele de studii în Biologie respectiv Informatică (vezi exemplul de la Facultatea de Informatică de la UAIC Iaşi pentru nivelul de licenţă, respectiv de la Facultatea de Biologie de la UBB Cluj pentru nivelul de master)
* Specializare ulterioară prin training-uri, cursuri de specializare de scurtă durată, auto-perfecţionare etc.

Varianta 2: Programe de studii inter-disciplinare în Bioinformatică.
* La nivel de licenţă: deocamdată prematur pentru România (cererea de specialişti în domeniu e încă mică)
* La nivel de master: la ora actuală există în ţară cel puţin 5 programe de master care au termenul „bioinformatică” în denumire (Nomenclatorul programelor de master 2017-2018, Anexa 1 HG 2017 08 11):
1. Imagistică, bioinformatică şi sisteme complexe (RO) – Universitatea Politehnica din Bucureşti, Facultatea de Calculatoare şi Tehnologia Informaţiei
2. Algoritmi şi bioinformatică (RO) – Universitatea din Bucureşti, Facultatea de Matematică şi Informatică, Departamentul de Informatică
3. Applied bioinformatics for life science (EN)- Universitatea din Bucureşti, Facultatea de Biologie
4. Biostatistică şi Bioinformatică (RO) – Universitatea de Medicină şi Farmacie, Cluj Napoca
5. Bioinformatică (RO) – Universitatea din Timişoara, Departamentul de Informatică

Programe de master cu tematici corelate
6. Biomedical Informatics (EN) – Universitatea Politehnica din Bucureşti, Facultatea de Calculatoare şi Tehnologia Informaţiei
7. Biostatistică, Universitatea din Bucureşti, Facultatea de Matematică şi Informatică, Departamentul de Matematică
8. Metode şi tehnici statistice în sănătate şi în cercetarea clinică, Universitatea Politehnica din Timişoara

Mobilitate

Mobilitatea profesorilor și a studenților este esentială pentru dezvoltarea domeniului. Argumentele aduse sunt a) „super specializarea” profesorilor pe nișe cu subiecte tehnice, unde experiența practică este critică b) expunerea studenților la mai multe arii de studiu.

Cele doua modalități prin care se poate implementa sunt:

1) Mobilitate pentru profesori/experți în bioinformatică în cadrul diferitelor cursuri ținute în țară.

2) Mobilitatea studenților printr-un schimb de experiență între instituțiile participante.

Model

Cateva idei despre modelul optim de organizare.

  • Ideal, profesori din alte orașe/țări ar vizita o universitate gazda timp de 3-7 zile.
  • Alternativa la programe de MSc ar fi sa fie cursurile integrate în cadrul școlilor doctorale. Modulele ar fi cam tot de 7 zile (presupunand ca se rezolva problema chiriei).
  • Pentru formatori, ar trebui organizate cursuri de formare acreditate ANC – mobilitatea ar fi esențială în cazul acesta. În general, fiecare institutie participantă e specializată pe o nișă.
  • Pentru studenți/profesori „migratori” ar fi util ca participarea la cursuri sa fie combinată cu vizite de grup în cadrul laboratoarelor de bioinformatică. În felul acesta, vizitatorii ar putea interacționa (inclusiv practic) cu mai multe persoane.
  • Vizitele de grup pot fi extinse si in domeniul biotehnologiei sau în laboratoare din străinatate. Ar fi util un match-making student – firme de biotehnologie din România + laboratoare/firme din străinătate.
  • Pentru masterate multi-disciplinare, trebuie să existe totusi un limbaj comun intre formatorii din diferitele sub-domenii. Aceasta activitate necesită efort din partea formatorilor (cel puțin în faza inițială).

Aspecte practice

Pentru studenți, cazarea ar putea fi aranjată prin intermediul organizațiilor studențești. Pentru profesori, cazarea ar putea fi asigurată de universități (în majoritatea cazurilor exista resurse pentru vizitele profesorilor/cercetătorilor). Din păcate, institutele probabil nu au astfel de resurse.

Alte evenimente

Beer and Science Târgu Mureș

Târgu Mureș
20 February, 2020

Beer and Science Cluj-Napoca

Cluj-Napoca
15 October, 2019

Beer and Science Cluj-Napoca

Cluj-Napoca
6 October, 2019

Beer and Science Bucharest

Bucharest
4 October, 2019

Beer and science Iași

Iași
5 April, 2019

Beer and Science Bucharest

Bucharest
25 February, 2019

1st Romanian Bioinformatics Seminar

Cluj-Napoca
24 November, 2017

2nd RoBioinfo Seminar

Bucharest
18-20 April, 2018

3rd RoBioinfo Seminar: Next-Generation Sequencing Data Analysis

Timișoara
15-16 November, 2018

4th RoBioinfo Seminar: NGS technologies

Bucharest
25-27 February. 2019

5th RoBioinfo Seminar: Bioinformatics tools for exploring protein biology

Iași
4-5 April, 2019

6th RoBioinfo Seminar: Machine Learning for Biology

Cluj-Napoca
5-6 October, 2019

7th RoBioinfo Seminar – Human DNA variants: from functional annotation to disease association

Cluj-Napoca
7-8 October

8th RoBioinfo Seminar: Study of Antimicrobial Resistance using Genomics

Online
4 November, 2020

RoBioinfo Seminars in 2021

10th RoBioinfo Seminar: NGS Data Analysis

Online
October 2021

11th RoBioinfo Seminar: Cancer Genomics

June 2021

12th @RoBioinfo Seminar: AI and ML in Science

Online
5 Iulie 2021

Beer and Science #2

Euphoria Biergarten, Cluj-Napoca
18 Ianuarie

Postponed: Beer and Science

Cluj-Napoca
7 March, 2020